Dokładna data założenia parafii w Jędrzejowie nie jest znana. Kościół Świętej Trójcy powstał natomiast w pierwszej połowie XV wieku, obejmując obecne prezbiterium, zakrystię, nawę, a także kaplicę między zakrystią a nawą.

W roku 1479 od strony południowej została, przez opata Mikołaja z Rembieszyc, dobudowana kolejna część kościoła - kaplica o gotyckim sklepieniu. W tejże kaplicy znajdował się słynny Krzyż z dworu w Grabiszycach, który - jeśli wierzyć legendom - zaczął ociekać krwią, po czym został przeniesiony. Krucyfiks ten do dziś przez wielu wierzących uważany jest za cudowny. Na przełomie XVI i XVII wieku powstała wyjątkowa kaplica w stylu renesansowym, usytuowana nietypowo przy prezbiterium. W W XVIII wieku kaplice zamieniono na nawy, z powodu złego wykonania prac przy remoncie sklepień. Powstała fasada zachodnia, o wyjątkowym i oryginalnym profilu gotyckim. W W XVIII w. lub w początkach XIX w. wspomniana wcześniej kaplica renesansowa uległa zniszczeniu, a co za tym idzie - kościół zyskał nietypowe i oryginalne wejście, znajdujące się przy wielkim ołtarzu w prezbiterium. W latach 1870-1880 wzniesiono nową kaplicę, pod nadzorem Piotra Andrzeja Przypkowskiego. Powstała ona w miejscu dawnej kaplicy i umiejscowionego na jej miejscu później wejścia do kościoła. Na kaplicy umieszczono również zegar słoneczny. Dobudowano także kruchtę, przerobiono również drewnianą, krytą gontem sygnaturę, poprzez pokrycie jej blachą. W 1976 odbudowano zniszczoną wcześniej część zachodnią. W Kościele Świętej Trójcy w Jędrzejowie odbywają się liczne nabożeństwa, modlitwy i Msze Święte, w których tłumnie uczestniczą okoliczni wierni, ale także osoby przyjeżdżające z różnych zakątków kraju - nie tylko po to, by się modlić, ale również by podziwiać historię oraz architekturę tego wyjątkowego miejsca.