Jest to najstarszy kościół w Kętach. Pierwsza drewniana świątynia powstała w tym miejscu prawdopodobnie już w XIII wieku i to tę datę przyjmuje się za początek istnienia parafii w tym mieście.
W XIV stuleciu zastąpiono go jednak murowaną konstrukcją, która przerwała do czasu Potopu Szwedzkiego. Wtedy została prawie całkowicie spalona, a to co z niej zostało, oglądać można w murach przy prezbiterium. W 1661 roku kościół został odbudowany i stopniowo wprowadzano tu elementy charakterystyczne dla stylu barokowego. Część kościoła została zniszczona na przełomie XVIII i XIX stulecia. Zawaliła się wtedy część świątyni, a materiały budowlane wykorzystano ponownie do budowy plebanii. Na zewnątrz kościoła św. Małgorzaty i św. Katarzyny zobaczyć można piękne okna i dach typowy dla stylu gotyckiego, pierwotnego dla tej świątyni. Na uwagę zasługuje także wieża z neobarokowym hełmem, która wznosi się na ponad 40 metrów. We wnętrzach warto zwrócić uwagę na barokowy ołtarz główny, który pochodzi z XVII stulecia. Został on zbudowany tak, by przypominać łuk triumfalny. W jego środku znajduje się obraz przedstawiający Matkę Boską z Dzieciątkiem wraz z patronkami kościoła – Świętą Katarzyną oraz Świętą Małgorzatą. Dalej znajdują się podobizny innych świętych – Kazimierza, Wacława, Wojciecha, Stanisława, Franciszka oraz Antoniego. Ołtarz zdobią także inne rzeźby i elementy, którym warto się przyjrzeć z bliska. W kościele św. Małgorzaty i św. Katarzyny znajduje się także chrzcielnica, którą poświęcił w 1966 roku kardynał Karol Wojtyła, wybrany później na papieża. Dalej zobaczyć można rokokowy ołtarz z wizerunkiem Matki Boskiej Kęckiej. Do obrazu każdego roku przybywa wielu pielgrzymów, a z prośbami zwracają się do niej także mieszkańcy miasta. Sam obraz powstał prawdopodobnie w XV wieku, w którejś z krakowskich pracowni artystycznych.
