Wpierw była to drewniana kaplica szpitalika miejskiego, istniejąca od XIV wieku, wzmiankowana w 1484 r. W czasach reformacji, w latach 1531-1654, gdy kościół parafialny w Skoczowie został przejęty przez ewangelików, tutaj gromadzili się skoczowscy katolicy. Pierwotnie drewniany, kościół był dwukrotnie przebudowany, wpierw w XVI a potem w XIX wieku, kiedy uzyskał obecny wygląd. Jest to mały kościół, którego wymiary wynoszą: długość 18,20 m, szerokość 7,50 m. Jest to budowla jednonawowa z emporą, nakryta sklepieniem kolebkowym. Przez skoczowian nazywany jest "szpitalikiem". Od strony ulicy znajduje się jego wieloboczna apsyda. Na drugim końcu świątyni, znajduje się wysmukła wieża. W 1958 roku zostało odnowione wnętrze świątyni; malarz Jakub Kawulok z Istebnej na sklepieniu nad nawą namalował polichromię o tematyce: chrzest, męczeństwo i chwała św. Jana Sarkandra. Z kolei Jan Bulowski, skoczowianin, namalował obraz, przedstawiający Męczennika unoszonego przez anioły, który przez wiele lat był umieszczony w prezbiterium. Wewnątrz znajduje się także kamienna chrzcielnica, w której w grudniu 1576 r. prawdopodobnie ochrzczono przyszłego świętego Jana Sarkandra. Do kościoła przylega budynek dawnego szpitala, przebudowany w XIX wieku, mieszczący obecnie probostwo.