Budynek z zewnątrz ma zachodni – pruski wygląd jednak po wejściu do środka można poczuć klimat wschodni. Świątynię zbudowano w latach 1930-1933 i początkowo była ona świątynią ewangelicką, po wojnie stał się budynkiem garnizonowym, w latach 50-tych znów stał się obiektem kultu ewangelickiego. Pierwszą grecko-katolicką mszę w Węgorzewie odprawiono w 1965 w kościele św. Apostołów Piotra i Pawła do 1976 roku msze odprawiano tylko okazyjnie a od tegoż roku już co niedzielę. W tym okresie kościół ewangelicki nie był użytkowany więc grekokatolicy zwrócili się do ewangelików z prośbą o dzierżawę kościoła. Ewangelicy zgodzili się i od 1983 roku msze w świątyni odbywały się w obrzędzie grecko-katolickim. W roku 1998 budynek został odkupiony i dostosowany do potrzeb greckokatolickich mszy. Kościół jest pod wezwaniem św.Krzyża i został wpisany na listę zabytków.