Kościół św. Klemensa w Wieliczce został wzniesiony jako konstrukcja murowana w latach 1333-1370. Wcześniejszy kościół był najprawdopodobniej drewniany, a pierwsze wzmianki o nim pochodzą już z roku 1229, z bulli Grzegorza IX. Murowany kościół przetrwał aż do 1782 roku, gdy w okolicy wystąpiło trzęsienie ziemi. Ze względu na zniszczenia zdecydowano się na rozebranie prawie całej konstrukcji. Pozostała m. in. XVII kaplica grobowa Morsztynów oraz dzwonnica z 1693 roku, którą ufundował Jan III Sobieski. Dzwonnica była zaprojektowana przez włoskiego artystę, Pellegriniego. Nowy kościół został zbudowany w latach 1804-1806, aczkolwiek później był jeszcze kilkukrotnie przebudowywany. Ostatni remont miał miejsce w XXI wieku, gdy odnowiono elewację i przeprowadzono renowację polichromii. Przy kościele działa także skarbiec i biblioteka, gdzie od wieków gromadzono cenne zbiory. Część z nich oglądać obecnie można w krypcie kaplicy Morsztynów, gdzie wystawiona na pokaz jest m. in. zabytkowa monstrancja z 1490 roku.
