Muzeum jest podzielone na dwie części: zamek oraz kopalnię. W pomieszczeniach zamku zgromadzono bezcenną bazę badawczą stanowiącą historyczny księgozbiór i archiwum salinarne, liczący ponad 3000 obiektów dawny zasób kartograficzny saliny. Co istotne, wspomniana dokumentacja została wytworzona w znacznej mierze właśnie w Zamku Żupnym. Zachowane w oryginalnym miejscu powstania wytwory myśli technicznej i kultury duchowej mają wymiar uniwersalnej wartości światowej – salinarne archiwalia obejmują opracowania wybitnych specjalistów o międzynarodowym znaczeniu, np. pierwszego kartografa kopalni szwedzkiego Marcina Germana (XVII) czy saskiego racjonalizatora Johanna Gottfrieda Borlacha (XVIII w.). W kopalni można zobaczyć ok. 20 komór, kierat konny polski z XVII wieku, prawdopodobnie największa drewniana machina górnicza na świecie, róg tura oprawiony w srebro, należący do bractwa kopaczy z 1534 roku czy kolejkę konną.