Na terenie prudnickiego starego miasta, jednym z dwóch kościołów oprócz kościoła pw św. Michała Archanioła, jest drugi kościół świętych Piotra i Pawła.

Zlokalizowany jest na Górnym Przedmieściu, za murami dawnego miasta, przy obecnej ul. Piastowskiej, należący do Bonifratów. Opiekę nad tą barokową świątynia i klasztorem sprawują Bonifratrzy. Kościół wraz z klasztorem stanowi kompleks zbudowany z początkiem XVIII wieku. Klasztor ze szpitalem powstał w latach 1782-1783, kiedy to ciężko ranny pod Freiburgiem pułkownik Fryderyk Wilhelm Röderow, został uleczony przez bonifratra Martiniego Probusa. W dowód wdzięczności pułkownik kupił dla klasztoru ziemię, założył szpitalik, kaplicę i aptekę. Pierwsze zabudowania klasztorne nie zachowały się do współczesnych czasów. Klasztor, który powstał był pierwszym założonym na Górnym Śląsku, projektantem tej barokowej świątyni, zwieńczoną wieżą, był Michał Klemes z Karniowa. Kościół przy klasztorze wzniesiono w późniejszym czasie, w latach 1785-87, a prace nad nim nadzorował mistrz murarski Piotr Ertel z Wrocławia. Warto zwrócić uwagę, że ten jednonawowy, barokowy kościół posiada niecodzienną północną orientację a nie jak zazwyczaj bywa w kierunku Jerozolimy, na wschód. Kościół i klasztor prowadzony jest przez zakon szpitalny św. Jana Bożego oo. Bonifratrów. Do wschodniej części kościoła przylega dwukodygnacyjne skrzydło klasztorne. W środku klasztoru znajduje się kaplica z nerobarokową dekoracją, w kościele wystrój pochodzi z XVIII oraz XIX wieku. Nad ołtarzem głównym kościoła został przedstawiony obraz z sylwetkami św. Piotra i Pawła, nad nim znajduje się oko opatrzności bożej. Oprócz ołtarza głównego w kościele są także ołtarze boczne. W czasie I wojny światowej w latach 1914-1916 powstało północne skrzydło szpitala klasztornego, miała miejsce wtedy także rozbudowa prudnickiego założenia klasztornego.