Ten poświęcony św. Jadwidze kościół jest najstarszym zabytkiem w Zielonej Górze, został zbudowany pod koniec XIII wieku przez Henryka Głogowczyka. Jego fundatorem był książe Konrad I głogowski, który po śmierci został pochowany w obrębie kościoła.

Po wielu pożarach świątynia straciła swój pierwotny wygląd, czego przykładem jest chociażby niski dach, zakłócający proporcje budowli. W 1776 roku zawaliła się wieża kościoła, która od lat wymagała remontu. Razem z wieżą uszkodzone zostały ściany nawy i prezbiterium oraz sklepienia, co było efektem zbudowania obecnego dachu budowli.

W XVI wieku kościół został przejęty przez protestantów. Wokół kościoła toczyło się wiele sporów, dotyczących prawa korzystania z cmentarza przy kościele ewangelickim. W 1651 roku, po zawarciu pokoju westfalskiego, gdy ostatni ewangelicki pastor wyjechał z miasta, kościół wrócił w posiadanie katolików.